После поражения от Лю Кана, Шан Цун умоляет своего повелителя, Шао Кана сохранить ему жизнь. Он говорит Кану, что приглашение на участие в турнире не может быть отклонено, и что земные воины не имеют права отказаться от участия в турнире если тот будет проводиться во Внешнем Мире. Кан соглашается с планом Цуна и возвращает ему молодость.

Турнир во Внешнем Мире становится крайне опасным для землян, так как это территория Шао Кана и победа его воинов в турнире будет означать захват Земли.

Геймплей
Mortal Kombat II расширил боевую систему появившуюся в оригинальном Mortal Kombat. Было добавлено несколько простых ударов (удар рукой в сидячем положении). Удар ногой с разворота был сделан более мощным, чем в первой части, и также как апперкот стал запускать противника в воздух. В дополнение к этому все персонажи вернувшиеся из первой части получили новые спецприёмы. В игре также стало больше фаталити (англ. fatality) и были добавлены новые типы добиваний. Также бои стали намного быстрее и плавнее, по сравнению с первой частью. Несмотря на это все персонажи по-прежнему имели одинаковые скорость, силу, высоту прыжка и время пребывания в воздухе. Также все обычные удары тоже были одинаковыми у всех персонажей. Как и в MK бойцы по-прежнему отличались только внешностью, попаданиями ударов и добиваниями. И как в MK боевую систему часто критиковали за однообразие, считая, что ей не хватает глубины.

Как и в предшествующей игре, матчи подразделяются на раунды. Первый игрок, который выиграет два раунда, полностью отняв у противника полоску жизней, считается победителем. Когда у проигравшего игрока заканчиваются жизни, он становится неподвижен и у победившего бойца появляется возможность сделать добивание. В дополнение к фаталити, выигравший игрок теперь может применять бабалити (англ. babality) , френдшип (англ. friendship) и специальные добивания на фонах.

Рейтинговая система по очкам была упразднена и вместо неё стало подсчитываться количество побед.

Персонажи MK2 выглядят больше нарисованными, чем в первой части. Общая тема и стиль игры стали мрачнее, хотя и используют более яркие цвета. Также графическая система в состоянии использовать более насыщенные цвета.

Mortal Kombat II также отошёл от восточной темы первой части, хотя в обоих играх есть общие мотивы, что особенно чувствуется в музыке. Наконец, игра стала менее серьёзной из-за добавления шуточных добиваний.

Персонажи и актёры
Возвратившиеся участники:
Джонни Кейдж (Даниель Песина) — голливудская кинозвезда. Он присоединился к Лю Кангу в его путешествии во Внешний Мир.
Лю Кан (Хо Сун Пак) — шаолиньский монах и чемпион Смертельной битвы. Отправляется во Внешний Мир, чтобы отомстить за гибель монахов из своего храма.
Рейден (Карлос Песина) — бог Грома, который решает остановить Шао Кана.
Рептилия (Даниель Песина) — персональный телохранитель Шанг Цунга.
Скорпион (Даниель Песина) — призрак, восставший из Преисподней, чтобы уничтожить Саб-Зиро, который вновь принимает участие в турнире.
Шан Цун (доктор Филипп Ан) — злой колдун, который уговорил Шао Кана, сохранить ему жизнь, предложив императору новый план захвата Земного Царства. За это Кан восстановил молодость Цунгу.
Новые участники:
Саб-Зиро (Даниель Песина) — младший и более милосердный брат, первого Саб-Зиро, посланный Лин Куэй, чтобы завершить миссию своего брата и убить Шанг Цунга.
Барака (Ричард Дивицио) — лидер Таркатанов, ответственный за атаку на Храм Шаолиня.
Джакс Бриггс (Джон Парриш) — член отряда Специальных Сил США, старый товарищ Сони Блейд, который вступил в турнир, чтобы спасти её.
Китана (Каталин Замиар) — приёмная дочь Шао Кана и его персональный убийца.
Кунг Лао (Энтони Маркес) — шаолиньский монах и лучший друг Лю Канга, который выступает в турнире, чтобы отомстить за разрушение храма.
Милена (Каталин Замиар) — приёмная дочь Шао Кана и клон Китаны.

Соня Блейд и Кано — единственные бойцы из первой части игры, которые не вернулись, как игровые бойцы в MK2. Они появляются на «Арене Кана», прикованные цепями, к подиумам на обозрении зрителей.
Босс и под-боссы
Шан Цун
Кинтаро — модель, анимированная покадровой съёмкой.
Шао Кан (Брайан Глинн, озвучен Стивом Ричи).
Секретные персонажи
Джейд (Каталин Замиар) — Убийца из Внешнего Мира. Её не могут повредить метательные орудия и магии. Друг детства и защитница Китаны.
Нуб Сайбот (Даниель Песина) — Злой тёмный ниндзя, исчезнувший воин из предыдущего турнира. Его истинная личность будет раскрыта в Mortal Kombat: Deception.
Смоук (Даниель Песина) — Друг Саб-Зиро из клана Лин Куэй. Во время боя вокруг него вьётся дым.

Арены
Всего в игре Mortal Kombat II одиннадцать арен для поединков:
The Dead Pool (Мёртвый Бассейн, это выражение имеет еще одно значение — «Смертный список») — на этой арене есть фоновое добивание, когда у проигравшего игрока заканчиваются жизни, победитель может скинуть его апперкотом в бассейн кислоты на заднем плане. Эта возможность была добавлена в Ревизии 3.1. Висящие над бассейном крюки в своё время породили миф о добивании, в котором противника якобы можно насадить на крюк.
Kombat Tomb (Гробница Битв) — в качестве добивания победитель может послать апперкотом проигравшего противника на шипы на потолке. Если оба игрока будут сразу после добивания держать на джойстиках «Вниз», то добитый противник съедет с шипов.
Wasteland (Пустырь)
The Tower (Башня)
Living Forest (Живой Лес) — на этой арене из-за стволов деревьев выглядывают секретные персонажи — Джейд и Смоук.
The Armory (Оружейная). На этой арене Рэйден может применить своё секретное добивание — Fergality, которое существует только в версии для Sega Genesis.
The Pit 2 (Яма 2): победитель может выкинуть проигравшего противника с моста.
The Portal (Портал): когда Дэн «Toasty» Форден появляется на этом уровне, надо нажать «↓ + start», чтобы сразиться со Смоуком.
Kahn’s Arena (Арена Кана): в ранних версиях игры на арене не было Сони, Кано и самого Шао Кана.
Goro’s Lair (Логово Горо): вернувшийся из первой игры уровень, доступный только во время боя с секретными бойцами.
The Blue Portal (Синий Портал): доступный только во время боя с секретными бойцами, который существует только в версии для Sega Genesis.

Секреты
Секретные соперники. В игре есть три секретных соперника, сражение с которыми не требуется для прохождения игры. Однако с ними можно сразиться, выполнив специальные действия. Секретные соперники являются очень сильными бойцами. В случае проигрыша игроку не требуется проходить их заново, однако игрок теряет 1 жизнь.
Джейд. Копия Китаны, использующая её приёмы. Однако Джейд одета в зелёный костюм вместо синего. Также Джейд движется в 2 раза быстрее обычных персонажей и не уязвима для метательных снарядов. Чтобы сразиться с Джейд, надо победить персонажа, находящегося на «лестнице соперников» перед прямоугольничком со знаком вопроса, особым способом. А именно — нужно в одном из раундов одержать победу, не применяя приёмов, которые сбивают соперника с ног. Исключение составляет подсечка (назад + нижний удар ногой) — её применять можно. Для реализации этого плана хорошо подходит «велосипедный удар» Лю Канга. Этот удар забирает около 1/4 энергии соперника, но не сбивает его с ног.
Смоук. Иногда после апперкота в правом нижнем углу экрана появляется изображение композитора игры Дэна Фордена. Если во время его появления на арене The Portal нажать «↓ + start» (для компьютера: «↓ + F2»), то появится возможность сразиться со скрытым бойцом Смоуком.
Нуб Сайбот. Для сражения с Нуб Сэйботом нужно 25 раз подряд (в некоторых версиях — 50 раз) одержать победу одним игроком в режиме двух игроков.
Много жизней.Этот секрет является, скорее всего, следствием глюка. Основан на том, что после поражения от секретного соперника забирается 1 жизнь, но игра не заканчивается. Для получения секрета нужно попасть на сражение с секретным игроком, имея 1 жизнь. Затем нужно дать секретному игроку победить себя. В итоге остаётся 0 жизней, но игра не заканчивается. После очередного проигрыша останется −1 жизнь и так далее. Поскольку условием окончания игры является равенство количества жизней нулю, при меньшем количестве жизней игра продолжается. Так как количество жизней хранится в целочисленной переменной, после многократного уменьшения на единицу это количество снова станет равным 0 из-за «выхода за разрядную сетку». Но это произойдёт как минимум после 256 уменьшений на единицу (если количество хранится в 1-байтной переменной), а то и через 65536 или даже больше (если количество хранится в 2-байтной или большей переменной).